马克思主义学院下设7个教研室、1个办公室、1个资料室，即：思想道德修养与法律基础教研室、中国近现代史纲要教研室、习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研室、马克思主义基本原理教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系教研室、形势与政策教研室、大学生成才与职业发展教研室；综合办公室、资料室。

学院建有北京中医药大学马克思主义中国化研究中心、思想政治教育研究中心、马克思主义与中华优秀传统文化研究中心、党的建设和中医药发展研究中心等四个研究中心。